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详细解读如何看懂Addgene质粒图谱

作者: 佚名    转贴自: 本站原创    点击数: 1053


在各种各样的会议、调查和推特上,Addgene反复听到来自用户的反馈:请改进你们的质粒图谱!。为了便于用户更好的看懂质粒图谱,Addgene对分析质粒图谱的工具进行了升级。经过深思熟虑的设计、考察和调整,Addgene 很高兴地宣布,我们的质粒序列展示现在由GSL生物公司的SnapGene软件来支持。在SnapGene的序列查看软件和丰富特征库的支持下,新质粒序列展示的解释现在更加简单,并且分析更加一目了然。

一、AddgeneSnapGene质粒图谱的概述

以下三个因素使我们的SnapGene质粒图谱更便于浏览。这些实用而有效的更改将使您能够快速找到具有所需功能的质粒。

l  SnapGene的特征库---SnapGene的软件无缝地识别各种常见的质粒特征,例如:抗生素的耐药基因,筛选标记,启动子,起始子,标签,和某些开放阅读框。他们复杂的检测算法可以很容易地识别质粒特征,并且可以区别仅仅相差几个核苷酸的质粒,例如,荧光蛋白EGFPmEGFP

l  对特征、酶和引物进行清晰的注解---新图谱上直接标注了大多数的特征,使其更容易被识别。

l  提升限制性内切酶的可操作性---SnapGene软件在图谱上更好地对限制内切酶在质粒上的精确位置进行了标注。可以被检测到的内切酶数量比我们以前的绘图软件中的多5倍。现在更包括通常用于Golden Gate克隆或CRISPR gRNA克隆的IIS型限制酶。

有了这个更多功能的图谱,你就可以更早的开始考虑下一次的克隆实验了。

 

除了这些简单而强大的展示方面的改进,当您单击任何质粒图谱时,您也可以下载静态的图像文件(PNG,见上文)供您参考或直接粘贴到您的笔记本中。这将使您更容易与同事共享质粒信息,或者当您不使用计算机时向实验室成员解释质粒特性。

二、图谱、序列和可下载的gb &DNA文件

 

一旦你确定了一个想更深入了解的质粒,我们升级后的序列分析软件将方便你深入细节的去了解。点击“查看所有序列”按钮,你可以发现来自质粒原始提供者和Addgene自己的测序结果的可用序列信息:

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在这里你可以下载一个有注释的GenBank序列文件或SnapGene序列文件。然后,你可以在你选择的序列查看器中分析序列。如果原始提供者提供了一个自定义注释的GenBank文件,则可以在主质粒页上的“Resource Information”部分找到该文件。

三、分析你的质粒序列

想进行更直接、更高层次的分析,你可以直接点击“序列分析”按钮,打开一个由SnapGene提供的交互式的质粒图谱,并获取额外的提示信息和序列分析标签包括以下内容:

l  Maps

 

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这是你点击“分析序列”按钮后的第一个标签。这里所呈现的图谱保留了上面讨论的静态地图中的所有特性,但也具有交互功能。您现在可以停留在任何特征,酶,引物,或ORF上,以了解更多有关质粒的信息。例如,如果你停在氨苄青霉素抗性基因上,你会发现基因的全名,基因产物的名称,以及它功能的描述。您还可以单击质粒中的一个位置,然后再单击第二个位置,即可选择两个位置之间的序列,并将其发送到剪贴板以便进行复制和粘贴功能。

l  Sequence

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类似于质粒图谱,这里的线性序列现在也是交互式的,并在特征上可以做类似的停留。与map选项卡一样,单击线性序列中的两个独立的位置,即可选择两个位置之间的序列,并将其发送到剪贴板以进行复制和粘贴功能。

l  Restriction Enzymes

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在这里你会找到一个可以切割给定序列的限制酶的列表。该表包括:酶的名称,酶切的位置(碱基对),及酶切的总次数。使用右边的过滤器可以查找单、双和3个酶切的酶。还可以通过单击列头将酶进行排序。点击特定的限制酶也会在“map”序列选项卡中突出显示它。

l  Features

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这里列出的表列出了序列中检测到的质粒共同特征。表格中包括特征的名称、位置、大小、在图谱上表示它们的颜色、方向(如果相关)和类型。列出的类型是GenBank标准版本的特征类型。点击这里的某个特性也可以在“map”序列选项卡中突出显示该特征。

l  Primers

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此表包含一个在给定核苷酸序列中检测到的常用引物的列表。表格中包括引物的名称、序列、结合位点、长度和方向。点击一个特定的引物将在图谱序列标签中突出显示。

l  BLAST

通过使用NCBI网站上的局部序列比对基本检索工具(BLAST)来确定一个给定的序列与核苷酸(BLASTN)或蛋白质(BLASTX)序列数据库之间的相似性(同源性)。此外,使用BLAST2对自定义序列和一个给定的序列进行比对。

 

我们希望这些升级将便于您更容易地浏览质粒存储库,并快速识别您下一次实验所需的质粒和特性。我们想向提出改版建议的您(我们的科学家们),以及向SnapGene和为实现这些改进作出不懈努力的Addgene软件开发团队表示谢意。您可以在blog.addgene.org下发表评论,以便我们及时了解您对于这些升级的想法,并可随时查看我们为进一步提高图谱显示和功能所做的其它努力。

 

本文内容来自Addgene网站:

http://blog.addgene.org/improved-plasmid-maps-powered-by-snapgene?utm_source=July+2017-Newsletter&utm_campaign=Addgene+Newsletter+July+2017&utm_medium=email

 

 

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